Plateforme de génomique

La plateforme de génomique vous accompagnera dans votre projet de séquençage génomique, métagénomique et transcriptomique. Le séquençage ou reséquençage de petits génomes (bactéries, virus, levure), transcriptome et d’amplicons pourront être réalisés de la préparation des échantillons à l’acquisition des données. Par la suite, la plateforme de bio-informatique pourra vous offrir un service d’analyse des données (plus de détails ici).

Demande d’informations

Services :

  •  Séquençage génomique, transcriptomique et métagénomique :
    • préparation des échantillons
    • préparations des librairies
    • séquençage à haut débit
  • Consultation et développement des études moléculaires

 

Préparation des échantillons pour le séquençage

Extraction et quantification de l’ADN issus des échantillons fournis.

 

Préparation des librairies de séquençage

  • Préparation de librairies d’amplicons

Disponible au printemps 2019 :

  • Préparation de librairies de type Whole genome sequencing
  • Préparation de librairies à partir d’échantillon d’ARN

Séquençage à haut débit (disponible au printemps 2019)

  • Séquençage à haut débit de génome
  • Séquençage à haut débit de métagénome
  • Séquençage à haut débit de transcriptome

Consultation et développement des études moléculaires

  • Développement d’amorces
  • Méthodes d’extraction de l’ADN
  • Quantification de la qualité des échantillons

Instruments :

Quantification et analyse de la qualité de l’ADN extrait sur la plateforme comprenant : Agilent 2100 Bioanalyser, Fluomètre QUBIT, et Nanodrop ONE.

Agilent 2100 Bioanalyzer

  • Mesure la taille de fragments de 50-7000bp
  • Avec une précision de ±10%
  • Quantifie de 0.5-500pg/µl
  • Avec une précision de 20%

Fluorimètre QUBIT

  • Quantification de l’ADN et de l’ARN dans un même échantillon
  • Quantification de l’ADN : 10pg/µL – 1µg/µL
  • Volume nécessaire : 1 µL

Nanodrop ONE

  • Quantification de l’ADN, de l’ARN, et des protéines
  • Quantification de l’ADN : 2 ng/μl – 27.5 μg/μl
  • Détection de contaminants (phénol, protéines)
  • Volume nécessaire : 1 µL

Séquencage ou reséquençage sur la plateforme comprenant :  Illumina MiSeq, et le PyroMark.

Illumina MiSeq

  • Capacité de séquençage par analyse : 13 à 15 Gb
  • Taille des reads par analyse : jusqu’à 2x300pb
  • Jusqu’à 25 millions de lecture en single read ou 50 millions en paired-read

Pyromark :

  • Quantification de mutations et de méthylations

Pour obtenir une soumission, contactez-nous